Núñez figura en la nómina de ministros de la Corte cuyo juicio político se tramita a nivel del Poder Legislativo. Fue acusado por senadores liberales por su actuación en los expedientes relacionados con el exintendente de Yphejú, Vilmar Acosta, imputado por la Fiscalía como autor moral del asesinato del periodista Pablo Medina y su acompañante Antonia Almada.
El ahora exmiembro de la Corte había negado tal acusación y dijo que no se apartaba del cargo por cuestiones ajenas a su voluntad “por más que quiera dejar este infierno”.
Asimismo había manifestado que la “conspiración en su contra” inició en el 2008, y que tenía que ser radiado de la Corte.
Por otro lado el diario ABC Color de Paraguay señaló que “Núñez, al igual que muchos en la función pública, tiene a todo un clan de familiares en el Poder Judicial y el último escándalo en que se vio involucrado fue el caso de denuncia por doble nacionalidad de Vilmar “Neneco” Acosta, que había sido presentada por un oponente político que terminó muerto. El ahora exmiembro de la máxima instancia judicial había declarado que solo Dios lo sacaría del cargo. Fue en respuesta a los pedidos de juicio político, medida a la que se refirio como un “circo”.
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