Fue senador de la República y diputado nacional. Tras cinco candidaturas presidenciales (1966, 1971, 1989, 1994, 1999), resultó electo como presidente de la República Oriental del Uruguay, cargo que ocupó entre el 1 de marzo del año 2000 y el 1 de marzo de 2005.
Fue el primer presidente del siglo XXI y el cuarto integrante de la familia Batlle, de ascendencia catalana, en ocupar la presidencia de la República. Miembro del histórico Partido Colorado, del sector batllismo. Se autodefine conceptualmente como un liberal. Actualmente se ocupa enteramente a la actividad privada, aunque sigue teniendo voz dentro de la política nacional.
El 14 de octubre de 2016 sufrió un accidente en Tacuarembó y fue internado en el CTI del hospital de dicha ciudad. Se golpeó la cabeza luego de caer al suelo por un mareo. Le hicieron una cirugía que resultó exitosa, pero él está en coma y en estado grave. Se lo trasladó a Montevideo pero al quitar los sedantes no hubo buenos indicios. Luego de varios intentos médicos el político fallece el 24 de octubre.
Enfrentó a la dictadura militar de su país
En octubre de 1972 (antes del comienzo de la dictadura cívico-militar) fue recluido en un cuartel acusado de supuestas ofensas a las Fuerzas Armadas.
En realidad su prisión significó una respuesta a sus denuncias formuladas a través de un programa de televisión de que había conversaciones y presuntos entendimientos entre militares e integrantes del Movimiento de Liberación Nacional-Tupamaros en el cuartel del Batallón Florida, con el aval de los generales Gregorio Álvarez y Esteban Cristi en un momento en que estaban técnicamente en “guerra”. Así, resultó ser el primer preso político por orden expresa de los militares. Luego fue dejado en libertad y posteriormente en más de una oportunidad nuevamente detenido.
Durante la dictadura cívico-militar, Batlle, como otros dirigentes políticos, fue proscrito. Pasó a vivir buena parte de esos años en el estado de Rio Grande do Sul, Brasil, dedicándose a la compra y venta de ganado en las ferias y remates ganaderos.